Linux机器根本不用整理硬盘，这就是为什么没有看到过Linux用户整理硬盘。Linux的文件系统是比Windows的FAT,FAT32,NTFS高明得多的文件系统，它们不但可以对文件设置权限，实施完全的保护，而且可以“越用越整齐”，“越用碎片越少”！你应该把文件大部分放在Linux的分区，而不是Windows分区，因为它比Windows分区可靠得多。
由于大多数科学家，工程师用的都是Linux或者某种商业UNIX,所以几乎所有商业的科学工程程序，比如Matlab,Mathematica,AutoCAD,Candence的，Synopsys的，Avant!的……全都是先有UNIX的版本(包括Linux)，然后再考虑移植给Windows，甚至根本不移植给Windows，因为Windows的机器一般没有足够的能力运行这样的程序。
在Linux下用free命令，你会发现你的内存几乎每时每刻都快要被用完。那是因为Linux把大部分内存用来作为磁盘缓冲了。Linux有比Windows先进的磁盘缓冲技术。你有没有发现你往硬盘写数据的时候，很快就完成了？那是因为Linux在内存里有很多磁盘缓冲区，你要写到硬盘上的数据先被写到了这些内存里，然后Linux就告诉你“拷贝完成”，当你马上又想删除刚才写入的某些数据时，Linux只是把数据从内存里移除，然后报告“删除完成”。在一定的间隔时间后，Linux才把数据写回硬盘，这样不但高效，避免了多次硬盘操作，而且减少了文件的不连续，也就是减少了“碎片”。Windows当然也有磁盘缓冲，但是由于它内存管理的低效率，它不敢把大量内存都用来作为磁盘缓冲，因为它没有能力在用的时候随时把内存收回来。
IBM制造的最大的并行计算机有8000多个处理器，Windows不可能有能力管理这么多处理器，它用的是什么操作系统？答案是Linux。
当然Linux不是万能的。它也有不能干的事情，电脑也有干不了的事情。但是Linux干不了的事情，Windows肯定也干不了。这些事情就是我们需要探索，需要努力的事情了。在你探索的过程中，Linux必定是你的好伙伴。
Shell:bash。我使用bash的vi命令行方式。
编辑器：VIM,Emacs
程序开发：GCC,make,ld,Scheme48,j2sdk,Perl,Python,Tcl/Tk...
论文，幻灯工具：LaTeX,ConTeXt
绘图工具：MetaPost。这个语言太强了，以至于我只用它了。你不熟悉的话可以用dia来画一些流程图之类的图片。
图像处理：ImageMagick。其中的import程序可以屏幕抓图，convert程序可以转换图像格式，display可以显示图片和简单编辑(缩放，换质量，转格式，简单绘图，简单虑镜)。通常我就这么点需要。如果你要更强大的图像工具可以用Gimp,它几乎和Photoshop差不多。
自动管理工具：make。我可以用make来自动编译程序，自动编译文档，自动更新插图……全自动，而且不会重复劳动。
打包，压缩程序。什么都有:tar,gzip,bzip2,zip,rar,...
虚拟光驱程序。Linux不需要虚拟光驱程序，直接mount就行了。
ftp服务器：proftpd,vsftpd
WWW服务器：apache。(我一般没有开)
ftp客户程序：lftp
自动下载工具：wget
虚拟终端：rxvt,xterm,gnome-terminal,mlterm,...
Xserver:XFree86
窗口管理器：FVWM。编译加入了libstroke。
中文输入：XSIM。被我修改过以适应FVWM的需要。另外推荐你还可以用SCIM。
email处理：Mutt+Postfix+fetchmail
看PDF,PS,DJVU文件：AcrobatReader,xpdf,GhostScript,gv,djvu工具包和netscape插件。
看CAJ文档。我从来不看CAJ之类的文档，如果找不到PDF或PS，直接去图书馆借最好。
看网页：Mozilla,Phoenix,lynx。Mozilla-Xft的显示效果比IE好很多。
英汉字典：IBM智能词典，星际译王。
编辑网页：我用VIM直接写HTML。你如果想要图形方式的可以用其它的比如screem,BlueFish。
登录其它UNIX,Linux机器：openSSH,telnet。openSSH还可以把其它机器的X程序通过ssh加密的隧道传到我机器上显示。
放录像：MPlayer,RealPlayer。MPlayer太好了，直接就可以放VCD,DVD,divx,wma,wmv...。rm最好还是用realplayer放，它也是免费的。
放音乐：xmms
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