首先2d和flash是完全不同的两个概念，至于你刚说的那些软件，ani是用来扫描上色的，toonz没用过，但是印象里是制作动画分镜头用的，retas是一系列软件，最新版本为retas studios，是日本动画公司用来制作传统二维动画的，分4个部分，coreretas,paintman,stylos和traceman,分别的作用是合成输出，上色，作画修正还有扫描，事实上真正常用的二维制作软件你一件也没提到，那就是PS,painter,用于绘制背景，combustion,AE用于合成，PR用于剪辑输出。
RETAS PRO已占领了日本动画界80%以上的市场份额，雄踞近四年日本动画软件销售额之冠。日本已有100家以上的动画制作公司使用了RETAS PRO，其中较为著名的有Toei，Sunrise，TokyoMovie(使用RETAS PRO制作了Lupin The 3rd鲁宾三世)，TMS(使用RETAS PRO制作Spider-Man蜘蛛人日本著名的动画学校--Yoyogi动画学校以及著名的游戏制作师Hudson, Konami也使用了RETAS PRO。
flash就是flash，不属于二维范畴。
虽然你完全问错了，但是我还是回答你，按二维动画制作流程。
第一，分镜头没有必要用软件制作，如果一定需要，word足够了。
第二，原画，动画是没有软件可以代替的，必须由手工完成，这也就是为什么传统二维动画工期长的原因。
第三，扫描上色的软件很多，animation是比较常见的一种，但是使用起来比较繁琐，而且已经是很多年前的软件了，没有矢量处理功能，去套色线还有上色等能力都属于中下等。日本的retas系列中的traceman是我目前见过的最好的动画扫描软件，功能强大，而且操作简单，但是似乎很难搞到中文版本，更别说盗版的了，至于正版软件的价格,retas HD系列的全套价格是52万日元左右。
第四，合成，国内公司大多使用的都是ae和combustion,功能不可谓不强，但是由于太过全面，不是动画专业的，所以使用起来有一定困难，但可发挥余地很大。reats系列中的coreretas虽然性能没有那么强，但是专业对应动画合成，当然了，价格。。。
至于流氓兔什么的，都是flash做的。那不属于二维动画。
论是FLASH还是RETAS，哪怕是用Photoshop逐帧做出来的的序列图片，都属于2D动画的范畴，
FLASH和RETAS的区别主要是工作方式的区别。
RETAS的工作方式其实是接近传统的手绘流程。
而FLASH的工作方式则比较随心所欲，但是无论用的什么工具，其实都可以做出高品质的动画。
硬要说谁最适合做动画，那么，我只能说，RETAS绘制线条 扫描线条和上色的能力是都是FLASH望尘莫及的，如果FLASH是小孩子手中随意玩耍的泥巴的话，那么RETAS就是大师手中专业级别的陶土了。
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